Scal-Air, association de type "loi 1901", est composée de quatre collèges :

• Les collectivités locales
• L’État
• Les industriels émetteurs de substances surveillées
• Les associations/personnalités qualifiées

Chaque collège siège, à part égale, au conseil d’administration. Celui-ci, sous l'égide de son président, supervise la gestion et les orientations stratégiques, et fixe en conséquence les directives pour le personnel salarié.

Les besoins de financement pour l’investissement et le fonctionnement de l’association sont couverts par des conventions financières établies de façon équilibrée avec les collectivités locales, l’État et les industriels.

Ce mode de fonctionnement, identique à celui des Associations Agréées de Surveillance de la Qualité de l’Air (AASQA) métropolitaines, garantit au public une information transparente et fiable. Les AASQA sont regroupées au sein de la Fédération Atmo, dont Scal-Air est membre.